Doutorando: Baltazar do Azarento Isabel Chipiringo. (30/10/2018, às 16:00 horas no Anfiteatro do ESB). Orientador: Francisco Murilo Zerbini Júnior.  Resumo: Patógenos de plantas estão constantemente emergindo e sendo disseminados para novas áreas, causando perdas econômicas pela redução da qualidade e quantidade de culturas em todo o mundo. Sua detecção confiável é de importância crucial para a proteção de plantas e garantia da segurança  alimentar. O diagnóstico de patógenos de plantas baseia-se na utilização de uma série de métodos sustentados por diferentes princípios biológicos, dos quais alguns são altamente específicos e outros mais genéricos. Assim, a capacidade de detetar fitopatógenos varia com a sensibilidade e a especificidade das ferramentas de detecção utilizadas. Os métodos específicos para o diagnose são geralmente direcionados para algumas espécies e requerem um conhecimento a priori dos patógenos que estão sendo testados, enquanto a maioria dos métodos não específicos não requerem este conhecimento prévio. As tecnologias de sequenciamento de alta capacidade permitem uma abordagem genérica à identificação de fitopatógenos que não requer um conhecimento prévio sobre os patógenos-alvo, mas que pode fornecer também resultados específicos. O diagnóstico precoce e a resposta rápida são cruciais para reduzir o risco de entrada e propagação de fitopatógenos. Duas novas tecnologias de sequenciamento, denominadas de “terceira geração”, são capazes de sequenciar moléculas únicas, sem a exigência de amplificação de DNA, em tempo real e forneceendo leituras longas (milhares ou mesmo dezenas de milhares de nucleotídeos por leitura): “single molecule real-time sequencing” (desenvolvida pela empresa Pacific Biosciences) e “nanopore sequencing” (desenvolvida pela empresa Oxford Nanopore). São tecnologias de sequenciamento de amplo espectro e genéricas e podem ser usadas para substituir uma ampla variedade de métodos convencionais, especialmente no estágio de triagem. As tecnologias de sequenciamento de terceira geração estão causando uma nova revolução na genômica, pois constituem uma maneira de estudar genomas, transcriptomas e metagenomas em uma resolução sem precedentes. Oferecem vantagens no sequenciamento de moléculas únicas, incluindo comprimentos de leitura excepcionalmente longas (> 20 kb). Além disso, têm a capacidade de revelar em qualquer amostra vegetal a presença de organismos inesperados e desconhecidos que podem ser ameaças potenciais. O sequenciamento dura apenas algumas horas, o que é muito atraente em uma configuração de diagnóstico. Especificamente, o MinION (equipamento portátil que utiliza a tecnologia “nanopore”), apesar de apresentar uma margem de erro maior do que o HTS de segunda geração, é considerado promissora para seu emprego no diagnóstico de doenças de plantas no campo, dada sua portabilidade e preparo de amostra simples, tornando assim efetivo o tempo de resposta necessário para a implementação de medidas de manejo.