Bases físicas
Edifício Sylvio Starling Brandão
O DFP está sediado no andar térreo e subsolo do Edifício Sylvio Starling Brandão (SSB). No térreo, situam-se as secretarias de expediente e da PPG-Fitopatologia/UFV. No mesmo andar situam-se três salas de aula, uma sala de preparo e esterilização de meios de cultura, 13 gabinetes de docentes, seis laboratórios (Micologia e Etiologia de Doenças de Plantas, Manejo de Doenças de Plantas, Epidemiologia, Bacteriologia Molecular, Biologia de Populações de Fitopatógenos e Nematologia), uma sala de reuniões com equipamento para videoconferência, uma sala de estudos para os pós-graduandos. No subsolo, o DFP dispõe de quatro salas, um laboratório (Interação Patógeno-Hospedeiro), uma sala de aula, uma sala de incubadoras, um almoxarifado e uma sala sede do GEAFIP.
BIOAGRO/INCT em interação Planta-Praga
No prédio do Instituto de Biotecnologia Aplicada à Agropecuária (BIOAGRO), o DFP dispõe de quatro laboratórios (Genômica, Patologia Florestal Molecular, Controle Biológico de Fitonematoides e Virologia Vegetal e Molecular) e seis gabinetes. No prédio do INCT, anexo ao prédio do BIOAGRO, está localizados salas e laboratórios anexos ao Laboratório de Virologia Vegetal e Molecular em uma área total de 300 m² incluindo o laboratório propriamente dito (90 m²), sala para radioisótopos, sala para bioinformática, sala para fotodocumentação, almoxarifado, dois gabinetes para professores, depósito e cozinha. Ainda, estão localizados dois anexos ao Laboratório de Genômica, sendo um laboratório para análise de expressão gênica e o outro para clonagens e análises de bioinformática.
Casas de vegetação
A aproximadamente 100 metros do edifício SSB, o DFP dispõe de oito casas de vegetação, dois telados, um prédio de apoio de 120 m² que contém uma sala com câmara de nevoeiro, seis câmaras de temperatura controlada, um abrigo de equipamentos e um abrigo para agrotóxicos. No mesmo local está localizado o prédio que abriga a Unidade de Controle Biológico, onde está localizado o Laboratório de Controle Biológico de Doenças de Plantas, uma sala de preparo de meio e uma sala de incubação.
Casa 36 na Vila Giannetti
Em uma edificação dentro do Campus com aproximadamente 200 m², onde se encontra localizado o Laboratório de Fitomicologia, que atualmente é responsável por manter um herbário e uma micoteca. O prédio também abriga a Clínica de Doenças de Plantas, credenciada como Laboratório Oficial de Diagnóstico Fitossanitário pelo Ministério da Agricultura. Junto à Clínica, existe uma área externa de, aproximadamente, 6000 m2, na qual foi implantado um Infectário para apoio às aulas práticas e uma casa de vegetação com 140 m² com sistema de controle de temperatura e irrigação por gotejamento.